Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666
penalty = -10000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122
174 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGG-AAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG-AGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGA-AGATGCAACAGC-AGGTCT-TACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCA-CAT-ATCAGAGAACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGC-AGTAGC-AAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAA-AGAAAGTGATTCC-AAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTC-AAATGAGAATGTGGAAACCATGGA-CTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-AAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATG-CGAAC-AGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGC-GGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGC-GAATCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGAC-GATGCAACGGCT-GGTCTG-ACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGC-AAC-TTATCAGAGGACAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCAC-AAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCC-GTAGCCA-GTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGAC-GAAGGTG-CTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAA-TGAAAATATGGAGACTATGGAA-TC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGA-GAAATCTCCCTTTTGACA-GAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGA-GGACC-GAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666
penalty = -20000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122
174 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGG-AAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG-AGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGA-AGATGCAACAGC-AGGTCT-TACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCA-CAT-ATCAGAGAACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGC-AGTAGC-AAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAA-AGAAAGTGATTCC-AAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTC-AAATGAGAATGTGGAAACCATGGA-CTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-AAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATG-CGAAC-AGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGC-GGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGC-GAATCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGAC-GATGCAACGGCT-GGTCTG-ACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGC-AAC-TTATCAGAGGACAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCAC-AAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCC-GTAGCCA-GTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGAC-GAAGGTG-CTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAA-TGAAAATATGGAGACTATGGAA-TC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGA-GAAATCTCCCTTTTGACA-GAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGA-GGACC-GAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -30000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888
96 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -40000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888
96 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -50000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777
84 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -60000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777
84 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -70000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667
72 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -80000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667
72 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1100000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1200000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1300000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1400000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1500000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666
penalty = -10000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122
174 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGG-AAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG-AGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGA-AGATGCAACAGC-AGGTCT-TACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCA-CAT-ATCAGAGAACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGC-AGTAGC-AAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAA-AGAAAGTGATTCC-AAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTC-AAATGAGAATGTGGAAACCATGGA-CTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-AAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATG-CGAAC-AGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGC-GGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGC-GAATCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGAC-GATGCAACGGCT-GGTCTG-ACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGC-AAC-TTATCAGAGGACAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCAC-AAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCC-GTAGCCA-GTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGAC-GAAGGTG-CTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAA-TGAAAATATGGAGACTATGGAA-TC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGA-GAAATCTCCCTTTTGACA-GAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGA-GGACC-GAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666
penalty = -20000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122
174 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGG-AAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG-AGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGA-AGATGCAACAGC-AGGTCT-TACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCA-CAT-ATCAGAGAACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGC-AGTAGC-AAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAA-AGAAAGTGATTCC-AAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTC-AAATGAGAATGTGGAAACCATGGA-CTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-AAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATG-CGAAC-AGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGC-GGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGC-GAATCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGAC-GATGCAACGGCT-GGTCTG-ACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGC-AAC-TTATCAGAGGACAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCAC-AAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCC-GTAGCCA-GTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGAC-GAAGGTG-CTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAA-TGAAAATATGGAGACTATGGAA-TC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGA-GAAATCTCCCTTTTGACA-GAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGA-GGACC-GAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -30000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888
96 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix2000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -4000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -50000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777
84 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -60000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667
72 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix20000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -70000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667
72 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1100000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1200000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1300000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1400000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1500000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix200000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix30000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666
penalty = -10000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122
174 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGG-AAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG-AGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGA-AGATGCAACAGC-AGGTCT-TACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCA-CAT-ATCAGAGAACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGC-AGTAGC-AAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAA-AGAAAGTGATTCC-AAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTC-AAATGAGAATGTGGAAACCATGGA-CTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-AAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATG-CGAAC-AGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGC-GGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGC-GAATCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGAC-GATGCAACGGCT-GGTCTG-ACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGC-AAC-TTATCAGAGGACAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCAC-AAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCC-GTAGCCA-GTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGAC-GAAGGTG-CTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAA-TGAAAATATGGAGACTATGGAA-TC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGA-GAAATCTCCCTTTTGACA-GAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGA-GGACC-GAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix3000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -2000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix3000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -3000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix3000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -4000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix30000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -50000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667
72 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1100000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1200000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1300000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1400000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1500000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix300000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix40000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
penalty = -10000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555
444 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-A-TGAACA-AATGGAGACTG-GTGG-GGA-GCGCCAGGA-TGCCAC-AGAAATCAGAGCATC-TGTCGGAAGAA-TGATTGGTGGAAT-CGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCAC-TGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACG-ACT--AATCCAGAATA--GCAT-AACAATAGAGAGGA-TGGTGCT-TTCTGCTTTTGA-TGAGA-G-AAGAAATAAATACCT-AGAAGA-GCATCCCAGTGCTGGG-AA-GGA-CCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATA--G-A-AG-AATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG-AGA-GT-TTGGCGCCAAGC-AA-ACAATGG-CGA-AGATGCAACAG-C-AGGTCT-TACTCA-TAT-CATGAT-TTGGCATTCCAACCT--GAATGATGCCA-CAT-ATCAGAG-AACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAG-AATGTGCTCTCT-AATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AG-AAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGC-GGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAG---CAATGGA-GTT--AATCAGAATGATCAAACGTGG-AATCAATGA-CCG-AA-ATTTCTGGAGGGGTGA-AAATGGACGAAGGA--CAAG--GGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAA-TAT-CCTCAAAGG-AAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGA---GGGCAATGATGGATCAAGT-A-AGAGAAAGTC-G-AAACCCAGG-AAATGCTGAGATT-GAAGA-CCTCA-TTTTCCT-GGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAG-TTGC--ACATA-AATCCTGCCTGCCTGC-TTGTGTGTATGG-GC-TTGC-AGTAGC-AAGTGGG--CATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACT-GGTCGGGA-TAGACCCATT-CA-A-AT-TACT-CCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGA-T-GAGACCAAATGA-AA-ACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACT-CTGC-TGCATTTGAAGAT-TTAAGAGTAT-CAAG-TTTCAT-AAGAGG-A-AAGAAAG-TG-ATTCC-AAGAGG-AAAGCTTTCCAC-AAGAGG-GGT-CCAGA-TTGCTTC-AAATGAGAA-T-GTGGA-AAC-CATGGA-CTCCAA-TAC-CCT-GGAACT-AAGAAGCAG-ATACTGGGCCATAAGGACCAGGA-GTGGAGGAAA-TACCAATCAACA-AAAGG-CATC-CGCAGG-CCAGA-TCAG--TGTACA-GCCTAC-ATTCTCAGT-GCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-AAGA-GCAACC-GTTATGGCAGCATTCA--GCGGGAA--CAATGAAGGACGGA---CATC-CGACATG-CG-AAC-AGAA-GT-TATAAG-AATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTT-CCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCA-ACGA-ACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGG-GTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTA-TGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTAC-GAACAGA-TGGAGACTGA-TGGAG-AA-CGCCAG-AATGCCACT-GAAATCAGAGCATCC-GTCGGAA-AAATGATTGGTGGAATT-GG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACC-GAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGG--TTGA-TCCA-AA-ACAGC-TTAACAATAGAGAG-AATGGTGCTCT-CTGCTTTTGAC-GA-AAGGA-GAAATAAATACCTT-GAAGAA-CATCCCAGTGC-GGGGAAAG-ATCC-TAAGAAAACT-GGAGGACC--TATATACAGGAGAGTAA-A--CGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGC-GAA-TCT-GGCGCCAAGCTAATA-A-TGGT-GAC-GATGCAAC-GGCT-GGTCTG-ACTCAC-ATG-ATGATCT-GGCATTCCAA--TTTGAATGATGC-AAC-TTATCAGAGGA-CAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGA-TGTGCTCTCTGA-TGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGA-GGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAG-TC-AAAGGAGTTGGAACAAT-GGTG-A-TGGAA-TTGG--TCAGAATGATCAAACGTGGGA-TCAATGATC-GGAAC-TT-CTGGAGGGGTGAGAA-TGGACGAA--AAACAAGAA--TTGCTTATGAAAGAATGTGCAAC-ATTC-TCAAAGGGAAA-TTTCAAACT-GCTGCAC-A-AAAAG--CAATGATGGATCAAGTGAGAGAGA--G-CCGGAA-CCCAGGGAA-TGCTGAG-TTCGAAGATC-TCACTTTTC-TAG-CACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TC-GGTTGCTCACA-AG--TCCTGCCTGCCTGCCT-GTGTGTATGGA-CCT-GCC-GTAGCCA-GTGGGTAC--GACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAG-TCGG-AATAGACCC-TTTCAGAC-TG--CTTC-AAAACAGCCAAGTG-TACAGCCT-AATC-AGACCAAATGAGAAT-CC-AGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCA-TTCTGCC-GCATTTGAAGATCT-AAGAGTATT-AAGCTT-CATCAA-AGGGAC--GAA-GGTGC-T-CCCAAGAGGGAA-GCTTTCCACTA-GAGGAG-TTC-A-AATTGCTTCCAA-TGA-AAATA-TGGAGA-CT-ATGGAA-TC-AAGTACAC-TTG-AACTGA-GAAGCAGG-TACTGGGCCATAAGGACCAG-AAGTGGAGGAAAC-ACCAATCAACAGA--GGGCATCT-GC-GGGCCA-AATCAGCAT--ACAA-CCTACG-TTCTCAGTA-CAGA-GAAATCTCCCTTTTGACA-GAA-CAACCA-TTATGGCAGCATTCAATG-GG-AATACA--GA-GG--GGAGAACATCT-GACATGA-GGA-CC-GAAA-TC-ATAAGGA-TGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTC-TTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAG-CGAG-CCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGA-TCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTAC-GACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix4000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -2000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix4000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -3000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix4000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -4000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix4000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -5000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix4000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -6000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1100000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1200000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1300000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1400000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1500000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix400000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666
penalty = -1000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222
190 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGG-ACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGA--AGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGG-AAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGA--ATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGG--AGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGA-AGATGCAACAGC-AGGTCT-TACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACA-T-ATCAGAGAACAAGAGC-GCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGC-CCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGC-AGTAGC-AAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAA-AGAAAGTGATTCC-AAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTC-AAATGAGAATGTGGAAACCATGGA-CTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAG-CGAAATCTCCCTTTTGA-A-AGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGA--AC--AGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGAT-TTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGA-GGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGA-A-AGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGC-GGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTA-A-ACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGA-A-TCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGAC-GATGCAACGGCT-GGTCTG-ACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGC-A-ACTTATCAGAGGACAAGAGCT-CTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCAC-AAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCC-GTAGCCA-GTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGAC-GAAGGTG-CTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAA-TGAAAATATGGAGACTATGGAA-TC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGA-GAAATCTCCCTTTTGACAGA-A-CAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATG--AGGACCGA-AA-TCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGT-GTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666
penalty = -2000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000
136 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCAT-ATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCAC-AGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCAT-AACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCT-AGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAAC-AGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGC-AAACAATGGCGAAGATGCAACAGC-AGGTCTTACTCATAT-CATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACAT-ATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAAC-ACTTCCC-AGAAGGTCTGG-TGCCGCAGGTGCTGCGGT-GAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAAC-AGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTC-AGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGC-ACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTC-ACTGGTCGGGATAGACCCATT-CAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGAT-GAGACCAAATGAAAACCCAGC-TCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCAC-AAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATC-TTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACT-GAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGC-TTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTT-GAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACT-GGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAA-TAATGGTGACGATGCAACGGCT-GGTCTGACTCACATG-ATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAAC-TTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACT-CT-CCCTAGGAGGTCTGGA-GCCGCAGGTGCTGCAGTC-AAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACT-GCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCT-GCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCT-CACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCT-CTAGTCGGAATAGACCC-TTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATC-AGACCAAATGAGAATCCAGCA-CACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTA-GAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555566666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666667777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888899999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999990000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -30000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888
96 gaps.1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TAC-CCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTG-AACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -4000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788
94 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCC-AGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCA-TTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAG-GGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGG-TACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCT-CCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTC-TAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGG-TCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGA-GGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -500000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777
86 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777
86 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATT-GAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCAT-TCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAA-AGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAG-TTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATAT-TGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGA-CCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777
80 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGA-GATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGT-CAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCAT-AAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAA-TACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGG-ACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGG-ACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTG-TACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAA-AGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATC-AAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGA-GAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444455555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555556666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777788888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888889999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -8000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666
70 gaps.123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACA-ATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACA-GAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1100000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1200000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1300000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1400000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1500000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1600000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1700000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1800000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT
Frame: 1;dna.matrix.unknown00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000011111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333344444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444445555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666677777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777778888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999900000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000001111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
penalty = -1900000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778888888888999999999900000000001111111111222222222233333333334444444444555555555566666666667777777777888888888899999999990000000000111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888889999999999000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666
68 gaps.12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678
ENA|HQ659871|HQ659871.1 A------------T-G-------------G-----C-----------G---TCTCAAGGCACCAAACGATCATATGAACAAATGGAGACTGGTGGGGAGCGCCAGGATGCCACAGAAATCAGAGCATCTGTCGGAAGAATGATTGGTGGAATCGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTCAAACTCAGTGATTATGATGGACGACTAATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATACCTAGAAGAGCATCCCAGTGCTGGGAAGGACCCTAAGAAAACAGGAGGACCCATATATAGAAGAATAGACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGAGAGTTTGGCGCCAAGCAAACAATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCCAACCTGAATGATGCCACATATCAGAGAACAAGAGCGCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTAATGCAAGGTTCAACACTTCCCAGAAGGTCTGGTGCCGCAGGTGCTGCGGTGAAAGGAGTTGGAACAATAGCAATGGAGTTAATCAGAATGATCAAACGTGGAATCAATGACCGAAATTTCTGGAGGGGTGAAAATGGACGAAGGACAAGGGTTGCTTATGAAAGAATGTGCAATATCCTCAAAGGAAAATTTCAAACAGCTGCCCAGAGGGCAATGATGGATCAAGTAAGAGAAAGTCGAAACCCAGGAAATGCTGAGATTGAAGACCTCATTTTCCTGGCACGGTCAGCACTCATTCTGAGGGGATCAGTTGCACATAAATCCTGCCTGCCTGCTTGTGTGTATGGGCTTGCAGTAGCAAGTGGGCATGACTTTGAAAGGGAAGGGTACTCACTGGTCGGGATAGACCCATTCAAATTACTCCAAAACAGCCAAGTGGTCAGCCTGATGAGACCAAATGAAAACCCAGCTCACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCTGCATTTGAAGATTTAAGAGTATCAAGTTTCATAAGAGGAAAGAAAGTGATTCCAAGAGGAAAGCTTTCCACAAGAGGGGTCCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGGAACTAAGAAGCAGATACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAATACCAATCAACAAAAGGCATCCGCAGGCCAGATCAGTGTACAGCCTACATTCTCAGTGCAGCGAAATCTCCCTTTTGAAAGAGCAACCGTTATGGCAGCATTCAGCGGGAACAATGAAGGACGGACATCCGACATGCGAACAGAAGTTATAAGAATGATGGAAAGTGCAAAGCCAGAAGATTTGTCCTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACA------G-----T----T-G-----A--
ENA|JX416721|JX416721.1 AGCAAAAGCAGGGTAGATAATCACTCACTGAGTGACATCAAAATCATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTACGAACAGATGGAGACTGATGGAGAACGCCAGAATGCCACTGAAATCAGAGCATCCGTCGGAAAAATGATTGGTGGAATTGGACGATTCTACATCCAAATGTGCACCGAACTCAAACTCAGTGATTATGAGGGACGGTTGATCCAAAACAGCTTAACAATAGAGAGAATGGTGCTCTCTGCTTTTGACGAAAGGAGAAATAAATACCTTGAAGAACATCCCAGTGCGGGGAAAGATCCTAAGAAAACTGGAGGACCTATATACAGGAGAGTAAACGGAAAGTGGATGAGAGAACTCATCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCTAATAATGGTGACGATGCAACGGCTGGTCTGACTCACATGATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACTTATCAGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCTCTGATGCAAGGTTCAACTCTCCCTAGGAGGTCTGGAGCCGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAGTTGGAACAATGGTGATGGAATTGGTCAGAATGATCAAACGTGGGATCAATGATCGGAACTTCTGGAGGGGTGAGAATGGACGAAAAACAAGAATTGCTTATGAAAGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGATCAAGTGAGAGAGAGCCGGAACCCAGGGAATGCTGAGTTCGAAGATCTCACTTTTCTAGCACGGTCTGCACTCATATTGAGAGGGTCGGTTGCTCACAAGTCCTGCCTGCCTGCCTGTGTGTATGGACCTGCCGTAGCCAGTGGGTACGACTTTGAAAGGGAGGGATACTCTCTAGTCGGAATAGACCCTTTCAGACTGCTTCAAAACAGCCAAGTGTACAGCCTAATCAGACCAAATGAGAATCCAGCACACAAGAGTCAACTGGTGTGGATGGCATGCCATTCTGCCGCATTTGAAGATCTAAGAGTATTAAGCTTCATCAAAGGGACGAAGGTGCTCCCAAGAGGGAAGCTTTCCACTAGAGGAGTTCAAATTGCTTCCAATGAAAATATGGAGACTATGGAATCAAGTACACTTGAACTGAGAAGCAGGTACTGGGCCATAAGGACCAGAAGTGGAGGAAACACCAATCAACAGAGGGCATCTGCGGGCCAAATCAGCATACAACCTACGTTCTCAGTACAGAGAAATCTCCCTTTTGACAGAACAACCATTATGGCAGCATTCAATGGGAATACAGAGGGGAGAACATCTGACATGAGGACCGAAATCATAAGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTACGACAATTAAAGAAAAATACCCTTGTTTCTACT